Mitglieder des EMZ-M sind Arbeitsgruppenleiter der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU) und des MPI-P, die die Elektronenmikroskopie stark nutzen. Die Mitgliedschaft kann beim Sprecher des EMZ-M schriftlich beantragt werden, der den Antrag der Mitgliederversammlung zur Abstimmung vorlegt. Die Mitgliederversammlung wird mindestens einmal jährlich einberufen und nimmt den Bericht des Leitungsgremiums entgegen. Die Mitglieder des EMZ-M werden an grundlegenden Entscheidungen im EMZ-M beteiligt.